Venciendo numerosas dificultades, lograron nombrar dos comisiones integradas, en representación del Melilla por Antonio Mateo Cánovas, José Ferrín Castillo, Miguel Téllez Moya y Andrés Bellido y por el Juventud Español por Juan Guerrero Plaza, Antonio Rivas, Joaquín Moñino Tusso y Joaquín Navarro. Y después de deponer prejuicios, apasionamientos y antagonismos se acordó la fusión creándose el nuevo club bajo la denominación de Unión Deportiva Melilla, cuya primera directiva la componían los señores Cabanillas, Rivas, Guerrero, Moñino, Avellán, Imbroda, Mateo, Ferrín, Segado, Téllez, Lorenzo y Ramírez. Melila (6 de febrero de 1943), toma parte en la Copa de Marruecos, cuyo trofeo obtuvo sin perder un solo encuentro. Seguidamente y durante la temporada 43/44, se proclamó Campeón de Marruecos ganando el derecho de jugar la promoción para el ascenso a Tercera División. Esta promoción fue disputada a doble partido contra el Electromecánica de Córdoba, campeón de Andalucía, al que eliminó brillantemente, enfrentándose posteriormente con el Hércules de Cádiz, colista, de Tercera División, ganándole ambos partidos, en Melilla por 3-1 y en Cádiz por 2-1 en un encuentro muy accidentado, logrando la U. Melilla con todos los honores ser el primer conjunto de la ciudad en participar en categoría nacional siendo su entrenador el exbético Gómez. En la campaña 44/45 y ya en Tercera División, actuó con un cuadro de jugadores locales, haciendo un gran papel, sumando 18 puntos, terminando en quinto lugar ante equipos de campanillas como el Córdoba, Jaén, Ceuta …
En la temporada 45/46 y con la ayuda económica de destacados directivos y aficionados la Unión Deportiva, inició su vida en el campo profesional, adquiriendo varios jugadores para su equipo que, unidos a los locales, de magnífica clase, llegaron a formar un “once” temible en su grupo bajo las órdenes del “Mago” Gaspar Rubio como entrenador. Las actuaciones de este equipo fueron de una gran brillantez en el grupo X de Tercera División donde militaba el Málaga que terminó como campeón del mismo; mientras que el Melilla obtenía el tercer puesto a dos puntos del segundo y a cuatro de los malagueños. Tomó parte en la fase intermedia en la que ascendió el Málaga y clasificándose Melilla con ocho puntos junto a Badajoz y Toledo. Precisamente en esta temporada, el 29 de septiembre de 1945, se inauguraba el estadio municipal “Alvarez Claro”. Un recinto modélico con capacidad para 12.000 espectadores que costó cuatro millones y que se inauguró con el Atlético Aviación, siendo presidente del club unionista D. En la temporada 46/47, se lograba finalizar como campeones del grupo XII, disputando la fase intermedia con Huelva, Cádiz, Jaén, Elche, Alicante, Mestalla y Segarra; finalizando en segunda posición y pasando a la fase final con Mestalla, Osasuna, Valladolid, Badalona y Salamanca y aunque su actuación fue brillantísima, no logró el ascenso. En la siguiente temporada, 47/48, se proclamó campeón de su grupo y tuvo más próximo que nunca el ascenso, que se malogró por disidencias internas e indisciplinas de algunos de sus jugadores que quitaron al equipo la unión necesaria para obtener tan preciado ascenso. Se llega a la temporada 48/49, funesta en todos los conceptos para el historial del club, en el que siguen militando jugadores indisciplinados aparte de una gran desorientación en la parte técnica, haciéndose adquisiciones de jugadores de ínfima clase que llevaron a la U. Melilla a las últimas posiciones de la tabla y al descenso a Regional, lo que no llegó a producirse por decisiones federativas al dejar dentro del grupo a todos los componentes del mismo.
