Algunas fuentes señalan que la idea provino del Nearai, un técnica popular del Bonsái, durante la era Edo en Japón. La técnica del Kokedama se inició hace unos 500 años en Japón, aunque no se hizo conocida en el resto del mundo hasta el año 1990. Hacia el 1600 a.C., partiendo de la idea del Bonsái, los japoneses comenzaron a cultivar plantas únicamente en una bola de sustrato con un plato debajo.
Poco a poco fueron introduciendo distintos tipos de plantas, perfeccionando así la técnica del Kokedama. Los japoneses buscan reproducir escenas de la naturaleza para poder disfrutarlas en el hogar. Es habitual encontrar Kokedamas en las ceremonias del té, de esta manera armonizan la sala y hacen más agradable y natural la estancia de quienes se encuentran allí. También utilizan las Kokedamas como plantas de acompañamiento personal.
